جداسازی یک بگوموویروس با ژنوم نوترکیب از علف هرز عروسک پشت پرده در جیرفت
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV) متعلق به جنس Begomovirus و خانواده‌ی Geminiviridae یکی از مهم‌ترین ویروس‌های گوجه فرنگی در سرتاسر دنیا و بسیاری از مناطق ایران از جمله جنوب و جنوب شرقی است. از سال 1394 به منظور ردیابی سایر میزبان‌های این ویروس در طبیعت، از مزارع گوجه فرنگی در منطقه جیرفت (استان کرمان) بازدید شد و نمونه برداری در فصول مختلف سال انجام گرفت. در میان نمونه‌های دارای علائم، علف هرز عروسک پشت پرده (Physalis divaricata نام انگلیسی Grand cherry)، علف هرز گل یک ساعتی (Hibiscus trionum نام انگلیسی flower-of-an-hour) و علف هرز خلال دندان (Ammi majus L. نام انگلیسی Bishops Weed) همگی با علائم فنجانی شدن و پیچیدگی برگ‌ها به سمت بالا، زردی برگ و یا ضخیم شدن رگبرگ جمع آوری شدند. ابتدا دی‌اِن‌اِی کل از نمونه‌های گیاهی به روش CTAB استخراج گردید. سپس برای تشخیص ویروس، از آزمون PCR به همراه آغازگر‌های دی ژنره 181v/Bc استفاده شد که منجر به تکثیر یک قطعه 550 جفت بازی برای هر سه جدایه فوق گردید. از میان سه علف هرز آلوده به TYLCV، ژنوم مربوط به جدایه عروسک پشت پرده (G4) با استفاده از آنزیم فی 29 دی‌اِن‌اِ پلیمراز، به روش دایره غلطان (RCA) تکثیر شد. پلیمر‌های خطی حاصل، با استفاده از آنزیم برشی PstI، به طول واحد ژنوم ویروس بریده شده و همسانه سازی گردید. نتایج حاصل از تعیین ترادف طول کامل ژنوم جدایه فوق و مقایسه آن با سایر گونه‌های TYLCV موجود در بانک جهانی ژن (GenBank) نشان داد که این جدایه به میزان 9/94% با جدایه‌ای از ویروس عمانی پیچیدگی برگ گوجه فرنگی (Tomato leaf curl Oman virus, ToLCOMV) (رس شمار HE819239) که در سال‌های اخیر بطور گسترده‌ای از کشور عمان گزارش شده است مشابهت دارد. بر اساس این نتایج، جدایه G4 از سایر جدایه‌های TYLCV که قبلا از ایران گزارش شده‌اند متفاوت می‌باشد. به گونه‌ای که بیشترین شباهت را به میزان 3/85% با جدایه ایرانی TYLCV-Ker[IR:Ho33:06] با رس شمار GU076442 دارد، که قبلا از استان هرمزگان گزارش شده است. آنالیز نوترکیبی با استفاده از نرم افزار RDP4 نشان داد که جدایه G4 از یک فرآیند نوترکیبی بین ToLCOMV بعنوان والد اصلی و Tomato leaf curl Barka virus بعنوان والد دوم (minor) بوجود آمده و یک قطعه 136 جفت بازی (از نوکلئوتید شماره 10 تا نوکلئوتید شماره 146 مربوط به جدایه G4) بین دو جدایه مبادله شده است. نتایج حاصل از این بررسی نشان می‌دهد که مناطق کشاورزی جنوب شرقی ایران با آب و هوای گرم و کشت میزبان‌های مختلف، شرایط مطلوبی را برای ایجاد نوترکیبی بین بگوموویروس‌های مختلف فراهم نموده است. ساخت سازه‌ی عفونت‌زا با هدف اثبات بیماریزایی این جدایه در میزبان اولیه یعنی عروسک پشت پرده و گوجه فرنگی در دست بررسی می‌باشد.
کلیدواژه ها