بررسی ویژگی‌های فنوتیپی و ژنوتیپی باکتری‌های همراه با بیماری شانکر پوستی درختان گردو در استان کرمان
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
گردو از درختان بسیار ارزشمندی است که نقش مهمی در اقتصاد ایران ایفا می‌کند. استان کرمان مقام اول سطح زیر کشت گردو را در کشور به خود اختصاص داده است. شانکر پوستی گردو از مهم‌ترین بیماری‌های خسارت‌زا در پوست تنه و شاخه‌های درختان بالغ و جوان گردو می‌باشد. علائم این بیماری ابتدا به‌صورت نواحی نکروزه و نقاط کوچک کروی، نامنظم در ناحیه کورتکس ایجاد می‌شود که در صورت وجود رطوبت کافی و هوای گرم مشاهده می‌گردد. عامل بیماری در شانکر‌ها و بافت‌های عفونی درختان زمستان‌گذرانی کرده و همراه شیرابه مترشحه از محل شانکر‌ها به خارج راه پیدا می‌کند. در بهار و تابستان 1394 جمع‌آوری نمونه‌های مشکوک به بیماری از درختان گردوی مناطق مختلف استان کرمان انجام شد. باکتری‌های بدست آمده از نمونه‌ها، روی محیط کشت ائوزین متیلن بلو (EMB) خالص شدند. به منظور شناسایی اولیه باکتری‌ها، آزمون‌های مرفولوژیکی، فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی انجام شد. همچنین برای بررسی ویژگی‌های ژنوتیپی جدایه‌ها ابتدا دی‌ان‌ای ژنومی تمام آن‌ها استخراج شد و برای انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) استفاده گردید. قطعه‌ای به طول تقریبی 255 جفت باز از ژن hrcC، که در سیستم ترشحی نوع سوم این باکتری‌ها دخالت دارد با استفاده از جفت آغاز‌گرهای اختصاصی F1 و C3 تکثیر شد. تمامی جدایه‌ها در ویژگی‌های فنوتیپی از قبیل، تولید رنگدانه‌ی سبز متالیک بر روی محیط کشت ائوزین متیلن بلو، توانایی رشد در هر دو شرایط هوازی و بی‌هوازی و حضور سیتوکروم اکسیداز C در غشا سلولی، یکسان بودند. جدایه‌های جمع‌آوری شده از هر منطقه از لحاظ ویژگی‌های فنوتیپی بسیار شبیه، اما متفاوت از جدایه‌های سایر مناطق استان بودند. در این تحقیق نتایج آزمون‌های فنوتیپی و ژنوتیپی، جدایه‌های جمع‌آوری شده را به دو گروه تقسیم کرد. گروهی از جدایه‌ها که با استفاده از جفت آغاز‌گرهای اختصاصی، قطعه‌ی 255 جفت بازی مربوط به ژن hrcC در ژنوم آن‌ها تکثیر پیدا کرد به عنوان گونه Brenneria nigrifluens و جدایه‌هایی که این قطعه در ژنوم آن‌ها تکثیر نیافت به عنوان جدایه‌های همراه با این باکتری در نظر گرفته شدند. جدایه‌هایی که ژن مورد نظر در ژنوم‌شان تکثیر یافته بود، از لحاظ ویژگی‌های فنوتیپی نیز بسیار شبیه به استرین مرجع B. nigrifluens بودند. به نظر می‌رسد آزمون‌های فنوتیپی افتراقی و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز کوتاه‌ترین راه ممکن برای شناخت باکتری مورد نظر می‌باشد و کارایی لازم برای تشخیص به‌موقع بیماری را دارند. بررسی و شناخت دقیق جدایه‌های همراه و بررسی توان بیماری‌زایی و شدت بیماری‌زایی جدایه‌ها و همچنین بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های جدا شده از استان کرمان با جدایه‌های سایر استان‌ها در دست بررسی می‌باشد.
کلیدواژه ها