پیش بینی محاسباتی میکرRNA های ویروسی در ویروس پیچیدگی برگ چغندر قند و ویروس ایرانی پیچیدگی برگ چغندر قند
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
گیاهان همواره توسط عوامل مختلف (ویروس، باکتری، قارچ، فایتوپلاسما) مورد حمله قرار می گیرند. که در بین این آلودگی های، آلودگی های ناشی از عوامل ویروسی یکی از مهم ترین تهدیدها به شمار می رود و هر ساله سبب خسارت های میلیون دلاری به محصولات کشاورزی می شوند. گیاهان و حیوانات دارای میکرو RNA های زیادی هستند که نقش حیاتی را در نمو سلول و بافت بازی می کنند. تا به امروز هیچ نوع میکرو RNA در موجودات تک یاخته گزارش نشده است. میکرو RNAها دارای طول 19-25 نوکلئوتید، تک رشته و مولکول های RNA غیر کد کننده درون زا هستند که نقش حیاتی را در تنظیم بیان ژن پس از رونویسی به وسیله هدف قرار دادن RNA های پیام بر یا سرکوب ترجمه ایفا می کنند. ژن های موجودات مختلف از جانوران و گیاهان تا ویروس ها میکرو RNA رونویسی می کنند (ژن کد کننده دارند). مطالعات اخیر نشان داده که هم ویروس و هم گیاهان میزبان، کد کننده میکرو RNA هستند که دارای مزایای هم برای میزبان و هم برای ویروس می باشد و این وابسته به فعل و انفعالات اختصاصی بین این عوامل می باشد. در ویروس پیچیدگی برگ چغندر قند (BCTV) و ویروس ایرانی پیچیدگی برگ چغندر قند (BCTIV) هر دو در ایران وجود دارند و هر ساله خسارات فراوانی به چغندرقند وارد می کنند. روش های محاسباتی ابزاری قدرتمند، بهتر و قابل دسترس تر در شناسایی میکرو RNA هستند. در این مطالعه توالی ویروسهای BCTV و BCTIV با استفاده از روش های محاساتی به منظور امکان حضور میکرو RNA بررسی شد.. در ابتدای پژوهش با استفاده از نرم افزار Vmir تعداد 57 توالی که قابلیت تشکیل ساختارهای بلقوه شبه سنجاق سری داشتند از ژنوم BCTV و BCTIV انتخاب شدند. برنامه MirPred تعداد 10 کاندیدا را به عنوان ساختار های سنجاق سری واقعی پیش ساز میکرو RNA تایید کرد و با سنجش حداقل انرژی آزاد شده (MFE) و دیگر پارامتر ها تعداد سه کاندیدا حذف گردید. در نهایت نرم افزار های تحت وب MatureBayes و Maturpred تعداد 12 میکرو RNA بالغ از 6 کاندیدا پیش ساز میکرو RNA از ژنوم BCTV و BCTIV را مورد تایید قرار داد. این یافته ها نشان دهنده مسیر جدیدی در زمینه تحقیقات، به منظور کشف نقش این میکرو RNAهای جدید در بیماری زایی ویروس ها و همچنین پیشبرد راه های کنترلی جدید ضد این ویروس ها می باشد. پیش بینی آزمایشگاهی میکرو RNA اولین گام در مطالعه میکرو RNA می باشد و بهتر است مطالعات دیگر به منظور شناسایی هدف و انالیز عملکرد این میکرو RNA ها انجام گردد تا دید جامعی از نقش بیولوژیکی آنها داشته باشیم.
کلیدواژه ها