معرفی آغازگر اختصاصی از ناحیه 16s-23s (ITS) به منظور شناسایی برخی از گونه‌های باکتری‌ Acidovorax

عنوان دوره: بیست و یکمین کنگره گیاه پزشکی ایران

باکتری‌های جنس Acidovorax از بیمارگرهای مهم گیاهانی نظیر هندوانه، برنج، یولاف، ذرت و سویا می‌باشند. استفاده از آغازگرها در شناسایی دقیق‌تر باکتری ها اهمیت زیادی دارد. در این بررسی جهت تعیین هویت این جنس، آغازگر اختصاصی برای ناحیه 16s-23s (ribosomal RNA intergenic spacer) با توالی F: 5' GGAAGAAGTCGGTGCTAA 3' و R: 5' TTGGTTGGTGGAGGATGA 3' با نرم افزار primer premier 5 طراحی شد. قطعه هدف از ناحیه ITS باکتری Acidovorax avenae subsp.avenae (KF998585) انتخاب شد. طول قطعه حاصل از این آغازگرها 214 جفت باز و دمای اتصال آن 55 درجه سانتی گراد بود. به منظور اطمینان از صحت عملکرد آغازگر، واکنش زنجره ای پلیمراز (PCR) با DNA استخراج شده از باکتری A. avenae subsp.avenae A. citrulli ، A. konjaci و دو جنس از باکتری های Xanthomonas و Pseudomonas انجام شد. ارزیابی ناحیه تکثیر شده بر روی ژل آگارز 5/1 درصد در کنار مارکر وزن مولکولی موید حضور باند اختصاصی برای باکتری A. avenae subsp.avenae و A. citrulli بود، در حالی که هیچ باندی مبنی بر تکثیر این قطعه برای دو باکتری Xanthomonas و Pseudomonas مشاهده نشد. بلاست جفت آغازگر طراحی شده در بانک ژن تشابه 100 درصدی را فقط با دو باکتری A. avenae subsp.avenae و A. citrulli که در بسیاری از خصوصیات مشترک اند نشان می‌دهد. بر اساس نتایج حاصل از این پژوهش به نظر می‌رسد این آغازگر فقط قطعه 214 نوکلئوتیدی از ناحیه 16s-23s این دو گونه باکتری را شناسایی و تکثیر می‌کند.

ITS؛ باکتری Acidovorax؛ طراحی آغازگر